Upravit stránku

Zavedení CNV detekce do NGS analýz

I přes zavedení NGS metod (NextGenerationSequencing) v klinické genetice, nemá významné procento pacientů s onemocněním genetického původu průkaznou diagnózu.

Rozvoj nejmodernějších bioinformatických metod umožnil zavedení CNV (Copy NumberVariants) detekce do NGS analýz. Tento krok přispěl ke zlepšení diagnostické účinnosti. Zavedení provedla společnost Golden Helix.

Zavedení CNV detekce do NGS analýz

V níže popsané studii byla prokázána klinická užitečnost detekce CNV pomocí NGS

V průběhu roku 2018 bylo studováno 275 pacientů analýzou NGS, bez jakýchkoliv znalostí přesné genetické diagnózy. Bioinformatické nástroje, které porovnávají normalizovanou sekvenační hloubku mezi vzorky pacientů a dodávanými kontrolami, byly použity pro stanovení CNV. Získané výsledky byly porovnány s vlastní laboratorní databází pacientů a kontrolami. Tento krok vyloučil polymorfismy a falešně pozitivní výsledky.

Všechny kauzální CNV byly potvrzeny ještě metodou MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification).

Výsledky a závěr studie

Patogenní CNV, které způsobují onemocnění, byly zjištěny u 11 z 275 pacientů (4%). Zvláště byly CNV detekovány u patologií s autosomálně dominantním způsobem dědičnosti (TSC2, MSH2 a FBN1), stejně jako u genů s autosomálně recesivní dědičností, včetně dvou homozygotních delecí (KCNV2 a RDX) a jedné heterozygotní delece pomocí SNV (Single Nucleotide Variant) v genu PKHD1.

Jeden z nejpozoruhodnějších případů odpovídá pacientovi s podezřením na hypomagnezémii, u kterého byly identifikovány dvě delece ve složené heterozygotní mutaci v genu TRPM6.

Tyto výsledky potvrzují, že zahrnutí detekce CNV pomocí NGS do genetické diagnostické rutiny umožňuje zvýšit diagnostickou účinnost, získat signifikantnější výsledky a lepší hospodárnost, než u konvenčních metod.

Nahoru