1. Katalogová čísla
- RA-103: Detekce CancerGeneFusion
- SP-201-1101: Konstrukce mRNA-Seqknihovny
- HS-102-1002: 91PEsekvenování
- BA-101-1103: Standardníbioinformatickáanalýza
- BA-301-1103: Bioinformatickáanalýza na zakázku
2. Účel a význam
K tvorbě fúzního genu dochází v důsledku chromozomálních aberací, jako je vložení, delece, inverze, translokace a změny v počtu kopií, což často vede ke vzniku onkogenu. U hemato-onkologických onemocnění bylo identifikováno více než 200 genových fúzí, což představuje 75 % ze známých lidských genových fúzí asociovaných s nádory. Tyto fúzní geny byly široce použity jako cílové geny při vývoji léků.
Fúzní geny hrají také klíčovou roli při vzniku nádorů, jako je v poslední době objevený karcinom žaludku, karcinom prostaty a další solidní nádory. Vysoce kapacitní párové-koncové sekvenování transkriptomu kombinované s analytickým softwarem SOAP fusion, který byl vyvinut společností BGI, může rychle detekovat fúzní geny. Přesné umístění zlomových míst do jednoho lokusu výrazně zlepšilo citlivost a přesnost v detekci fúzních genů ve výzkumu nádorů.
3. Experimentální postup a metody
4. Požadavky na vzorky
| Stav vzorku | Integrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA. |
| Množství vzorku | Celková RNA ≥ 5μg. Nejméně 15 párů nádorových a kontrolních vzorků musí být poskytnuto. |
| Koncentrace vzorku | Pro člověka, krysy a myši: koncentrace ≥65ng/ul |
| Čistota vzorku | RIN≥7,028S:18S≥1,0 |
| Strategie konstrukce knihovny |
Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty |
| Sekvenční strategie | 91PE, nejméně 5G dat je požadováno. Více fúzních genů může být detekováno s hlubšími sekvenčními daty. 8-10G dat je doporučeno. |
| Obsah bioinformatické analýzy |
Standardní bioinformatická analýza
Pokročilá bioinformatická analýza
Bioinformatická analýza na zakázku Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů. |
| Ukazatel dokončení |
|
| Doba zpracování | Standardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 50 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků). |