Upravit stránku

Detekce fúzních genů asociovaných s karcinogenezí (Cancer Gene Fusion)

1. Katalogová čísla

  • RA-103: Detekce CancerGeneFusion
  • SP-201-1101: Konstrukce mRNA-Seqknihovny
  • HS-102-1002: 91PEsekvenování
  • BA-101-1103: Standardníbioinformatickáanalýza
  • BA-301-1103: Bioinformatickáanalýza na zakázku

2. Účel a význam

K tvorbě fúzního genu dochází v důsledku chromozomálních aberací, jako je vložení, delece, inverze, translokace a změny v počtu kopií, což často vede ke vzniku onkogenu. U hemato-onkologických onemocnění bylo identifikováno více než 200 genových fúzí, což představuje 75 % ze známých lidských genových fúzí asociovaných s nádory. Tyto fúzní geny byly široce použity jako cílové geny při vývoji léků.

Fúzní geny hrají také klíčovou roli při vzniku nádorů, jako je v poslední době objevený karcinom žaludku, karcinom prostaty a další solidní nádory. Vysoce kapacitní párové-koncové sekvenování transkriptomu kombinované s analytickým softwarem SOAP fusion, který byl vyvinut společností BGI, může rychle detekovat fúzní geny. Přesné umístění zlomových míst do jednoho lokusu výrazně zlepšilo citlivost a přesnost v detekci fúzních genů ve výzkumu nádorů.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorkuCelková RNA ≥ 5μg. Nejméně 15 párů nádorových a kontrolních vzorků musí být poskytnuto.
Koncentrace vzorkuPro člověka, krysy a myši: koncentrace ≥65ng/ul
Čistota vzorkuRIN≥7,028S:18S≥1,0
Strategie konstrukce knihovny

Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty

Sekvenční strategie91PE, nejméně 5G dat je požadováno. Více fúzních genů může být detekováno s hlubšími sekvenčními daty. 8-10G dat je doporučeno.
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Detekce fúzních genů (> 100bp) a jejich zlomů
  4. Detekce genové exprese v rámci fúzního genu
  5. Statistika čtení fúzních genů

Pokročilá bioinformatická analýza

  1. Genová exprese a anotace (genové pokrytí a hloubka pokrytí)
  2. Analýza odlišné genové exprese (měly by být k dispozici 2 nebo více vzorků)
  3. GO analýza diferenciálně exprimovaných genů
  4. Analýza obohacení signálních cest diferenciálně exprimovanými geny
  5. Vyhlazení genových struktur
  6. Identifikace alternativně sestřižených transkriptů
  7. Predikce a anotace nových transkriptů
  8. SNP analýza

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončení
  • Splnění požadavků na čistá výstupní data, která jsou stanovená ve smlouvě.
  • Zlomy fúzních genů přesně lokalizované do jednotlivých lokusů.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 50 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).
Nahoru