Upravit stránku

Digitální Tag profilování genové exprese u eukaryot

1. Katalogová čísla

  • RA-201: Digitální Tag profilování genové exprese u eukaryot
  • SP-201-1201: Konstrukce knihovny na základě Tag expresního profilování
  • HS-101-1001: 50 SE sekvenování
  • BA-101-1201: Standardní bioinformatická analýza
  • BA-301-1201: Bioinformatická analýza na zakázku

2. Účel a význam

Celogenomová analýza genové exprese je základní analýza ve funkční genomice a lékařském výzkumu. S pomocí vysoko kapacitních sekvenačních technologií nové generace a vysoce výkonné výpočetní technice, digitální profilování genové exprese (DGE) může být použito pro ekonomickou a rychlou detekci genové exprese celého genomu v určité tkáni za určitých podmínek. DGE našlo své využití v oblastech, jako je základní vědecký výzkum, lékařský výzkum a výzkumu a vývoji léku.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorkuPro konstrukci 1 knihovny - celkováRNA≥4 ug;
Koncentrace vzorku

koncentrace≥80ng/ul

Čistota vzorkuOD260/280 ≥ 1.8; OD260/230 ≥ 1.8; živočichové RIN ≥ 7.0, rostliny a houby RIN ≥ 6.5; OD260/280 ≥ 1.8; OD260/230 ≥ 1.8; 28S:18S ≥ 1.0
Strategie konstrukce knihovny

21 bp tag knihovna

Sekvenční strategie50 SE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Anotacegenové exprese
  4. Analýza odlišné genové exprese (skríning odlišně exprimovaných genů-DEG, experimentální opakovatelnost analýzy DEG)
  5. Anotace anti-sense transkriptů
  6. Detekce nových transkriptů (referenční genom musí být poskytnut)
  7. Analýza expresního profilu DEG (Zákazník musí určit, které geny mají být zahrnuty do komparativní analýzy genové exprese, například geny se signifikantně odlišnou expresí v porovnání se vzorky léčených hormonem 2 hodiny, 4 hodiny a 8 hodin)
  8. GO analýza diferenciálně exprimovaných genů
  9. GO klasifikace (WEGO analýza)
  10. Analýza obohacení signálních cest diferenciálně exprimovanými geny
  11. Analýza protein-protein interakcí (pouze pro člověka a myši, databáze protein-protein interakcí cílového organismu musí být poskytnuta zákazníkem)

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončeníČistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 30 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).
Nahoru