Epigenetika zkoumá změny ve struktuře a funkci nukleových kyselin, a to především DNA, avšak samotnou molekulu neovlivňují. Tyto změny jsou navíc pouze dočasné, ale jsou přenosné mezi generacemi. Změny zkoumané epigenetikou se týkají nukleotidů jako takových a zároveň také bílkovinného nosiče DNA, tedy histonů.
Epigenom zahrnuje chemické modifikace DNA a histonových proteinů, dostupnost chromatinu a organizaci DNA vyššího řádu. Jeho vliv na genovou regulaci a následně na vývoj a patogenezi teprve začíná být chápán. Ačkoli epigenetické modifikace nemění samotnou sekvenci nukleových kyselin, techniky založené na sekvenování je mohou nepřímo detekovat.
V rámci poskytování služby sekvenování nové generace (NGS) pro vás máme připravenou řadu výkonných NGS analýz, včetně celogenomového bisulfitového sekvenování (WGBS), pro rychlou a důkladnou analýzu epigenomu mnoha organismů. Nyní přijímáme i rostlinné tkáně.
Možnosti analýzy epigenomu:
Metylační sekvenování
Metylační sekvenování poskytuje robustní a globální detekci 5-metylcytosinu (5mC), běžné formy metylace DNA u eukaryot.
PacBio® metylační sekvenování
Celogenomové sekvenování na PacBio® Sequel® může odhalit různorodou škálu modifikací DNA, včetně 6-metyladeninu (6mA) a 4-metylcytosinu (4mC), stejně jako umožňuje haplotypové fázování epigenetických markerů.
ATAC-Seq
Test pro sekvenování chromatinu přístupného transpozitáze (ATAC-Seq) využívá transpozitázu Tn5 k identifikaci otevřeného chromatinu s vyšším poměrem signál/šum a nižšími vstupními požadavky než jiné přístupy.
ChIP-Seq
Chromatinové imunoprecipitační sekvenování (ChIP-Seq) identifikuje interakce protein-DNA a modifikace histonů v celém genomu a poskytuje data s lepším rozlišením, menším šumem a vyšším pokrytím, než jsou technologie založené na arrays.
Jednobuněčné ATAC-Seq
Jednobuněčné ATAC-Seq (scATAC-Seq) identifikuje celogenomovou dostupnost chromatinu paralelním profilováním jednotlivých buněk. To umožňuje zkoumat strukturu chromatinu a DNA-vazebné proteiny regulující genovou expresi v různých stavech a buněčných procesech.