Eukaryotní RNA-Seq (Transkriptom)

Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty

Standardní bioinformatická analýza s referencí (referenční geny, genomová sekvence a genová anotace by měly být poskytnuty)

1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
3. Genová exprese a anotace (genové pokrytí a hloubka pokrytí)
4. Analýza odlišné genové exprese (měly by být k dispozici 2 nebo více vzorků)
5. Analýza expresního profilu diferenciálně exprimovaných genů (Zákazník musí určit, které geny mají být zahrnuty do komparativní analýzy genové exprese, například geny se signifikantně odlišnou expresí v porovnání se vzorky léčených hormonem 2 hodiny, 4 hodiny a 8 hodin)
6. GO analýza diferenciálně exprimovaných genů
7. Analýza obohacení signálních cest diferenciálně exprimovanými geny
8. Vyhlazení genových struktur
9. Identifikace alternativně sestřižených transkriptů
10. Predikce a anotace nových transkriptů
11. SNP analýza

Standardní bioinformatická analýza (de novo sestavení transkriptomu)

1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů a nekvalitních čtení ze syrových čtení
2. Statistická analýza a vyhodnocení dat
3. Sestavení výsledků (délková distribuce kontigů, délková distribuce transkriptů)
4. Funkční anotace transkriptů a COG klasifikace
5. GO klasifikace transkriptů
6. Analýza signálních cest transkriptů
7. Predikce oblastí kódující protein (CDS)
8. Analýza odlišné exprese transkriptů (je třeba uvést dva nebo více vzorků)
9. Geneontology (GO) klasifikace rozdílně exprimovaných transkriptů (je třeba uvést dva nebo více vzorků) a analýza obohacení signálních cest
10. SNP analýza
11. Vývoj SSR markerů a design primerů

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.