Upravit stránku

Eukaryotní RNA-Seq (Transkriptom)

1. Katalogová čísla:

  • RA-101: Eukaryotní RNA-Seq (Transkriptom)
  • SP-201-1101: Konstrukce mRNA-Seqknihovny
  • SP-201-1102: Konstrukce mRNA-Seqknihovny (Duplex-SpecificNuclease DSN Normalizace) 
  • SP-201-1103: Konstrukce mRNA-Seqknihovny (specifické vlákno) 
  • HS-102-1002: 91 PE sekvenování
  • BA-101-1101: Standardní bioinformatická analýza (resekvenování transkriptomu)
  • BA-101-1101: Standardní bioinformatická analýza (de novo sestavení transkriptomu)
  • BA-301-1101: Bioinformatická analýza na zakázku

2. Účel a význam:

Transkriptom je celkový soubor transkriptů, především mRNA, v jedné buňce nebo v populaci buněk za určitých podmínek. Na základě sekvenční technologie příští generace, RNA-Seq (Transkriptom) je schopné podávat objektivní informace o transkriptomu a může být použito v základním vědeckém výzkumu, lékařském výzkumu, farmakogenomice a výzkumu léčiv.

3. Experimentální postup a metody:

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorkuPro konstrukci 1 knihovny - u vzorků z rostlin a hub:celková RNA≥20 ug; lidské, krysí a myší vzorky: celková RNA≥5 ug; pro ostatní živočišné vzorky: celková RNA≥10 ug
Koncentrace vzorkuU živočišných vzorků: koncentrace ≥150ng/ul; pro člověka, u krys ​​a myších vzorků: koncentrace ≥65ng/ul; pro rostliny a houby, koncentrace≥250ng/ul
Čistota vzorkuOD260/280≥1,8, OD260/230≥1,8; pro zvířata RNA28S: 18S≥1,0RIN≥7,0; pro rostliny a houby RNA 28S18S: ≥1,0RIN≥6,5
Strategie konstrukce knihovny

Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty

Sekvenční strategie91 PE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza s referencí (referenční geny, genomová sekvence a genová anotace by měly být poskytnuty)

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Genová exprese a anotace (genové pokrytí a hloubka pokrytí)
  4. Analýza odlišné genové exprese (měly by být k dispozici 2 nebo více vzorků)
  5. Analýza expresního profilu diferenciálně exprimovaných genů (Zákazník musí určit, které geny mají být zahrnuty do komparativní analýzy genové exprese, například geny se signifikantně odlišnou expresí v porovnání se vzorky léčených hormonem 2 hodiny, 4 hodiny a 8 hodin)
  6. GO analýza diferenciálně exprimovaných genů
  7. Analýza obohacení signálních cest diferenciálně exprimovanými geny
  8. Vyhlazení genových struktur
  9. Identifikace alternativně sestřižených transkriptů
  10. Predikce a anotace nových transkriptů
  11. SNP analýza

Standardní bioinformatická analýza (de novo sestavení transkriptomu)

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Statistická analýza a vyhodnocení dat
  3. Sestavení výsledků (délková distribuce kontigů, délková distribuce transkriptů)
  4. Funkční anotace transkriptů a COG klasifikace
  5. GO klasifikace transkriptů
  6. Analýza signálních cest transkriptů
  7. Predikce oblastí kódující protein (CDS)
  8. Analýza odlišné exprese transkriptů (je třeba uvést dva nebo více vzorků)
  9. Geneontology (GO) klasifikace rozdílně exprimovaných transkriptů (je třeba uvést dva nebo více vzorků) a analýza obohacení signálních cest
  10. SNP analýza
  11. Vývoj SSR markerů a design primerů

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončeníČistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 50 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).

 

Nahoru