GATC News - Modulární přístup k sekvenování nové generace (NGS)

NGSELECT – LEGO® pro NGS

Modulární přístup k sekvenování nové generace (NGS) je mimořádně flexibilní v oblasti designu projektů. Pracovníci výzkumu mohou volně zvolit některý ze čtyř hlavních modulů, které jsou potřebné pro úspěšný sekvenační proces od vzorku po data. Bohaté možnosti výběru zajišťují, že vám NGSELECT nabízí vhodnou kombinaci pro projekt.

• Modulární přístup k sekvenování na platformách Illumina a PacBio
• Různé přístupy s různými režimy sekvenování a výstupními datovými balíčky
• Snadný přístup k čisté sekvenační kapacitě nebo kombinace pre-sekvenování, přípravy knihovny, sekvenování a BioIT
• Flexibilita při sestavování finančně efektivních pracovních postupů

NGSELECT nabízí pre-sekvenační služby, jako je například extrakce s nízkými vstupy DNA, deplece rRNA i příprava běžných a speciálních typů knihoven. Sekvenování objednáte v násobcích od 5M čtení v několika režimech (Illumina) i jako 500Mb balíčky hrubých dat (PacBio). Analytici BioIT pracují společně se sekvenačními techniky a výzkumné vývojové oddělení GATC Biotech efektivně transformuje hrubá sekvenační data do smysluplných a věrohodných výsledků. V případě potřeby vám poskytneme komplexní zprávu s výsledky v různých formátech.

Využití NGSELECT

Podívejte se na několik následujících příkladů, jak využijete NGSELECT ve svém výzkumu.

STARTER sada pro sekvenování RTL

Sekvenování knihoven pro přímé nanášení představuje jednoduchý NGSELECT projekt. Možnost procesu sekvenování na zakázku bude vyhovovat i náročným uživatelům, kteří dávají přednost analýze svých vlastních dat. Vhodné je i pro výzkumné pracovníky, kteří se chtějí vyhnout prodlevám při provádění projektu na pracovišti. Zašlete vámi připravenou knihovnu a GATC Biotech ji osekvenuje. BioIT bude zahrnuto na vyžádání.

JUNIOR sada pro bakteriální re-sekvenování

JUNIOR sada pro bakteriální re-sekvenování vás vyjde již od 150 EUR za jeden vzorek. Kombinuje jednoduše standardní genomovou knihovnu a 125 bp párové-koncové sekvenování na Illumina. GATC Biotech vám zaručí výstup pěti milionů čtení. To odpovídá průměrné hloubce sekvenování 200x. Extrakce DNA je volitelná a sada může být dokončena přidáním celé jednotky komplexní analýzy dat.

CREATOR sada se 4 v 1 modulu pro RNA-Seq / ChiP-Seq

Sestavte si svůj kompletní balíček, a to od vzorku až po výsledky. Začněte s pre-sekvenačními službami, jako je izolace RNA a deplece rRNA. Potom si vyberte vhodnou knihovnu, jako jenapříklad cDNA knihovna připravená s náhodnými primery, řetězec-specifická cDNA knihovna nebo ChiP-Seq knihovna. Jednotka sekvenování může být přidána pro splnění jakéhokoli individuálního požadavku. BioIT z vašich hrubých dat získá co nejvíce. Optimalizovaným postupem pro analýzu transkriptomu nebo sestavením transkriptomu De Novo posílíte celý svůj projekt.

Věděli jste, že…?

Milion párů bází DNA obsahuje u lidí asi 10 genů. Bakteriální DNA stejné délky obsahuje 500 až 100 genů. Čím je jich víc, tím lépe. Bakteriální re-sekvenační služba je optimální pro anotaci bakteriálních genomů a průzkum oblastí s vysokou hustotou genů.

Publikace

Tento měsíc se v seznamu odborných publikací nacházejí tyto tituly:

Nejbližší konference

• 9. -12. červen 2016, Manchester, UK - EACR-24 - From Basic Research to Precision Medicine