Sekvenování je výkonný nástroj pro detekci známých a nových SNP. BGI poskytuje genotypizační služby na platformách Illumina BeadArray a Affymetrix Axiom, které mají vysokou kapacitu a krátkou dobu odezvy. Dále jsme spojili genotypizaci a sekvenování příští generace pro identifikaci běžných a vzácných variant s použitím strategie nové generace GWAS.
Pro genotypizaci je k dispozici mnoho čipů pro různé rostlinné a živočišné druhy (např. skot, ovce, pes, kukuřice, atd.). Kromě toho, mohou být čipy navrženy na zakázku. BGI má rozsáhlé zkušenosti v genotypizaci pomocí Sequenom MassARRAY platformy, která je vhodná pro ověření výsledků celogenomového sekvenování a existence možných SNP míst. BGI doposud genotypizovala více než 45 000 vzorků pomocí MassARRAY platformy, a více než polovina z nich byly klinické vzorky.