Jednobuněčné sekvenační analýzy

Buněčné populace jsou zřídka homogenní a podobné ve svých charakteristikách. Zatímco tradiční metody sekvenování mohou být výkonným a finančně efektivním nástrojem pro celkovou analýzu, nemohou detekovat rozdíly mezi jednotlivými buňkami v komplexním prostředí.

S nedávným vývojem v oblasti mikrofluidiky a molekulárního čárového kódování se však technologie založené na NGS pro genomický, transkriptomický a epigenomický výzkum stále více zaměřují na analýzu jednotlivých buněk. To vědcům umožňuje zkoumat rozmanitost heterogenních buněčných populací a odhalovat nové biologické jevy.

Sekvenování jednotlivých buněk zkoumá informace o sekvenci DNA nebo RNA prostřednictvím metody sekvenování nové generace (NGS). Tato technologie poskytuje vyšší rozlišení buněčných rozdílů a lepší pochopení funkce buňky v rámci jejího mikroprostředí. Například u rakoviny může sekvenování DNA jednotlivých buněk poskytnout informace o mutacích nesených malými populacemi buněk. V rámci vývoje může sekvenování RNA exprimované jednotlivými buňkami poskytnout vhled do existence a chování různých typů buněk. 

Jednobuněčná RNA-Seq

Sekvenování jednobuněčné RNA je od roku 2020 považované za Zlatý standard pro definování buněčných stavů a fenotypů. Ačkoli není možné získat úplné informace o každé molekule RNA exprimované každou buňkou, můžeme vzorce genové exprese identifikovat pomocí genu shlukové analýzy. Ta může odhalit existenci vzácných typů buněk v buněčné populaci, které nikdy předtím nebyly vidět.

 

 

Jednobuněčné ATAC-Seq

ATAC-seq označuje přístupné DNA oblasti sondováním otevřeného chromatinu s hyperaktivním mutantem Transpozáza Tn5, který vloží sekvenční adaptéry do otevřených oblastí genomu. Zatímco přirozeně se vyskytující transpozázy mají nízkou úroveň aktivity, ATAC-seq využívá mutovanou hyperaktivní transpozázu. V procesu zvaném „značkování“ štěpí a značí dvouvláknovou DNA sekvenční adaptéry Tn5 transpozáza. Zjistíte, jak struktura chromatinu a proteiny vázající DNA regulují genovou expresi v různých podmínkách a v různých buněčných procesech.

Jednobuněčné imunoprofilování

Obrovská rozmanitost B-buněčných receptorů (BCR) a T-buněčných receptorů (TCR), která vzniká rekombinací variabilních (V), diverzitních (D) a spojovacích (J) lokusů, je klíčová pro adaptivní imunitní systém. Naše služba imunoprofilování spojuje velmi hluboké sekvenování oblastí V(D)J a přizpůsobenou bioinformatiku, aby poskytla komplexní charakterizaci celého repertoáru BCR nebo TCR. Nedávný pokrok v mikrofluidní technologii navíc umožňuje párování řetězců BCR a TCR s rozlišením jedné buňky.

Díky nedávným technickým vylepšením je sekvenování jednotlivých buněk slibným nástrojem pro řešení řady zdánlivě nepřístupných problémů. Například heterogenní vzorky, vzácné typy buněk, vztahy buněčné linie, mozaicismus somatických tkání, analýzy mikrobů, které nelze kultivovat, a vývoj nemoci. To vše lze vysvětlit právě touto metodou.

Pracovní postup:

Rozdělení buněk

Buňky a kuličky s čárovým kódem jsou izolovány v kapičkách oleje pomocí 10× Genomics Chromium.
Rozdělení buněk

Příprava knihovny

Jedinečné čárové kódy pro každou buňku jsou přidány do RNA nebo DNA před přípravou knihovny.
Příprava knihovny

Sekvenování

Knihovny s čárovým kódem jsou spojeny a sekvenovány na platformě Illumina pro charakterizaci.
Sekvenování

Analýza dat

Získejte vlastní analýzy a vizualizujte výsledky prostřednictvím interaktivního softwaru.
Analýza dat

Vlastnosti a výhody jednobuněčného sekvenování:

  • Optimalizovaný pracovní postup, který maximalizuje flexibilitu projektu, rychlost a přesnost dat.
  • Sekvenční platformy s nejvyšší propustností, včetně Illumina NovaSeq 6000, poskytují cenově výhodné jednobuněčné analýzy.
  • Odstranění mrtvých buněk pro zlepšení kvality dat, zejména u projektů s nekvalitními vzorky.
  • Patentovaný protokol zmrazení buněk udržuje životaschopnost buněk během přepravy a poskytuje pohodlnou přepravu vzorků.
  • Vizualizujte výsledky prostřednictvím interaktivního softwaru, včetně našeho datového portálu využívajícího technologii ROSALIND pro projekty sc/snRNA-Seq.

Máte na nás dotazy? Jsme vám plně k dispozici, stačí nám napsat.

  • Položky označené hvězdičkou (*) jsou povinné.
ANCHOR_TOP_TITLE

Tento web využívá cookies

Pro chod webu jsou nezbytně aktivovány esenciální soubory cookies. Pro plnohodnotné poskytování služeb, personalizaci reklam a analýzu návštěvnosti jsou však nutné povolit i volitelné cookies. Kliknutím na následující tlačítko, je zapnete. Zobrazit podrobnosti
Odmítnout vše Nastavení Povolit vše

Nastavení cookies

Vaše soukromí je důležité. Můžete si vybrat z nastavení cookies níže. Zobrazit podrobnosti

Potvrdit vše Potvrdit moje volby