Řešení problémů s DNA templáty při Sangerově sekvenování 🔬
21. května 2024
Přeloženo z originálu
Sangerovo sekvenování je vysoce efektivní pro testování malých cílených genomických oblastí a pro validaci výsledků z NGS. Stejně jako u všech sekvenačních technologií však existují omezení a potřeba řešení problémů. 🧬
#SangerovoSekvenování #DNA #Genomika
Řešení problémů při Sangerově sekvenování
Pokud vzorek, který sekvenujete, nevytváří požadovanou kvalitu čtení, doporučujeme začít se třemi základními kroky řešení problémů.
Návrh primeru 🧪
Primer optimalizovaný pro vaši PCR reakci nemusí vždy fungovat se Sangerovou reakcí. To je způsobeno použitím pevné teploty nasedání. Aby primer mohl pracovat na své optimální úrovni v rámci Sangerovy reakce, musí se vejít do určitých poměrů, mezi 18 až 24 bází s 45 až 55% obsahem GC při teplotě nasedání mezi 55 a 60 stupni Celsia.
Kontaminanty 🦠
Pokud se setkáváte s nekvalitními daty nebo neúspěšnými sekvenačními reakcemi, doporučujeme zkontrolovat možné kontaminanty ve vzorku.
Zkontrolujte, zda eluce neobsahuje EDTA — jakékoliv pufry jako TE — protože to může bránit sekvenační reakci a způsobit její selhání.
Zkontrolujte 260/230 vzorků. Nízká hodnota 260/230 (<1,6) naznačuje přítomnost organických kontaminantů, které mohou ovlivnit kvalitu sekvenování.
Pokud je pro izolaci DNA templátu použita ethanolová precipitace, doporučujeme provést důkladné promytí, aby se odstranily zbytky ethanolu, protože to může také ovlivnit kvalitu sekvenování.
Obtížné templáty 🧬
Pokud DNA templát obsahuje GC-bohaté vlásenky nebo sekundární struktury kolem oblasti nasedání primeru nebo v rámci sekvenační oblasti, bude Sangerova reakce negativně ovlivněna.
Blízkost oblasti nasedání primeru může vést k potenciálnímu nenasedání.
Střed nebo konec templátu nebo sekvenační oblasti představuje riziko selhání nebo oslabení signálu při sekvenování přes templát.
Pro obzvláště obtížné DNA templáty nabízíme v USA inovativní protokol, který tyto výzvy řeší přímo, čímž zvyšuje robustnost Sangerovy reakce. V EU nabízíme možnost řešení problémů s obtížnými templáty během sekvenačního procesu. Kontaktujte jednoho z našich odborníků, abyste se dozvěděli více.
📧 USA: dnaseq@azenta.com | EU: Sanger.europe@azenta.com | UK: Sanger.UK@azenta.com
#Genetika #Výzkum
Omezení Sangerova sekvenování
Aby bylo dosaženo optimálních výsledků sekvenování, je důležité pochopit hranice Sangerova sekvenování; co je potřeba k optimalizaci jeho přesnosti a kdy byste mohli využít jiné nákladově efektivní sekvenační řešení.
Návrh primeru 🧬
Dobrý návrh primeru je klíčový pro úspěšné Sangerovo sekvenování. Nekvalitní primery se neuchytí na templát, což vede k špatným výsledkům sekvenování.
Koncentrace a objem vzorku 📏
Kromě návrhu primeru je dalším omezením Sangerova sekvenování koncentrace a objem vzorku.
Delší délky čtení = zvýšené náklady 💰
Pro každou Sangerovu reakci s konkrétním primerem dodáváme až 1100 bází délky čtení od místa nasedání primeru.
#Sekvenování #Biotechnologie
Zvyšte své Sangerovo sekvenování s našimi servisními řešeními
Sangerovo sekvenování nabízí cenné poznatky o cílených genomických oblastech a slouží jako robustní nástroj pro validaci, ale může přinášet výzvy při řešení problémů, jako je návrh primeru, kontaminanty a problémy se sekvenováním templátu. Abychom tyto výzvy řešili, nabízíme v USA inovativní protokol, který tyto výzvy řeší přímo, čímž zvyšuje robustnost Sangerovy reakce. V EU nabízíme možnost řešení problémů s obtížnými templáty během sekvenačního procesu. Naše proprietární řešení může pomoci zefektivnit váš pracovní postup, čímž ušetříte kritický čas pro výzkum.
GENEWIZ Sangerovo sekvenování nabízí řešení pro navigaci omezení, ale také poskytuje přístup k univerzálním primerům, personalizovanému nástroji pro výběr primerů a odborné technické podpoře, což zajišťuje, že vaše sekvenační úsilí bude optimalizováno pro úspěch. Zažijte efektivitu naší Sangerovy sekvenační služby a posilte svůj výzkum s naší komplexní podporou.
#Výzkum #Laboratoř #Inovace
Prozkoumejte naše Sangerovy sekvenační služby
O autorce
Annie Huang
Annie Huang je marketingová manažerka pro strategii obsahu v oblasti genomiky ve společnosti Azenta Life Sciences. Má bakalářský titul v oboru mikrobiologie a molekulární genetiky z Michigan State University a pracovala v oblasti produktového marketingu, technického prodeje a rozvoje trhu v oblasti věd o živé přírodě před svou současnou rolí. Dnes dohlíží na správu a strategii obsahu pro portfolia sekvenování nové generace, syntetické biologie (oligo, genová syntéza, příprava plazmidů) a PCR + Sangerovo sekvenování pro GENEWIZ Multiomics & Synthesis Solutions od Azenta Life Sciences.
#Marketing #Genomika #AzentaLifeSciences