Základním rozdílem mezi Sangerovým sekvenováním a sekvenováním příští generace (NGS) je objem sekvenování.

  • Sangerova metoda sekvenuje pouze jeden fragment DNA v čase a zaměřuje se pouze na konkrétní gen (nebo několik genů) nebo variantu.
  • NGS, sekvenace nové generace, je masivně paralelní a sekvenuje miliony fragmentů současně v rámci jednoho běhu. Tento proces umožňuje sekvenování stovek až tisíců genů najednou. NGS také nabízí větší možnost objevovat nové nebo vzácné varianty pomocí hlubokého sekvenování.
Sangerovo sekvenování, NGS sekvenování nové generace

Výhody

Sangerovo sekvenování

  • Rychlé a finančně efektivní sekvenování pro nízký počet cílů (1–20 cílů)
  • Dlouhá čtení, snadné sestavování čteních (zejména u GC bohaté vysoce repetitivní DNA)
  • Jednodušší pracovní postup
  • Snadná analýza dat
  • Malé uložiště dat

NGS sekvenování nové generace

  • Vyšší hloubka sekvenování umožňuje vyšší citlivost (až 1 %)
  • Vyšší schopnost objevovat nové varianty
  • Větší rozlišení mutací (od velkých chromozomálních přestaveb až po jednonukleotidové varianty)
  • Více dat generovaných ze stejného množství vstupní DNA
  • Škálovatelné na celý genom
  • Vysokokapacitní a multiplexní
  • Nízká cena za 1 bázi

Nevýhody

Sangerovo sekvenování

  • Nízká citlivost (limit detekce ~15–20%)
  • Nelze detekovat chromozomální aberace, varianty v počtu kopií
  • Nízká schopnost objevovat nové varianty
  • Není finančně a časově efektivní pro vysoký počet cílů (> 20 cílů)
  • Vysoká cena za 1 bázi 
  • Nízká škálovatelnost díky vyšším požadavkům na vstupní množství vzorku

NGS sekvenování nové generace

  • Méně finančně a časově efektivní pro sekvenování nízkého počtů cílů (1–20 cílů)
  • Krátká čtení, problémy se sestavováním čtení
  • Velké úložiště dat 
  • Složitá analýza dat

Aplikace NGS

(Slabý O. Technologie sekvenování nové generace: celogenomové, celoexomové a cílené – hotspot – sekvenování. www.prolekare.cz)

Celogenomové sekvenování (WGS)

stanovení kompletní sekvence genomové DNA

Výhody

  • Poskytuje sekvence kódujících i nekódujících oblastí genomu 
  • Představuje nejkomplexnější způsob charakterizace genomové DNA 
  • Velký význam z hlediska translačního onkologického výzkumu
  • Umožňuje výpočet mutační nálože (TMB)

Nevýhody

  • Velké množství získaných dat klade vysoké nároky na jejich interpretaci, a to především v případě náhodných potenciálně rizikových nálezů 
  • Finanční a časová náročnost

Celoexomové sekvenování (WES)

stanovení sekvence přibližně 1% genomové DNA představující kódující oblasti

Výhody

  • Většina patogenních variant (85%) leží v kódujících částech genomu 
  • Funkční dopady těchto variant jsou lépe interpretačně uchopitelné 
  • Oproti WGS umožňuje větší hloubku čtení 
  • Umožňuje výpočet mutační nálože (TMB)

Nevýhody

  • Neumožňuje identifikaci variant v nekódujících oblastech genomu 
  • Problém s náhodnými potenciálně rizikovými nálezy

Cílené (hotspot) sekvenování (sekvenační panely)

stanovení sekvence vybraných genů, případně vybraných genomových oblastí

Výhody

  • Méně finančně a časově náročné
  • Cílení na konkrétní geny a varianty (hotspoty) umožňuje jejich snadnou klinickou interpretaci 
  • Malé riziko náhodných nálezů 
  • Vysoká senzitivita 
  • Metodika umožňuje snadnější optimalizaci a standardizaci ve srovnání s WGS a WES 
  • Umožňuje výpočet mutační nálože TMB (při počtu genů na panelu > 200)

Nevýhody

  • Největší limitací je nízká šíře pokrytí, determinovaná počtem sekvenovaných genů, která může vést k nezachycení potenciálně klinicky významné varianty (s rostoucím počtem genů pokrytých panelem tato limitace úměrně ztrácí na významu)

Spolupracujeme s německou značkou Atlas Biolabs a s firmou GENEWIZ a jejich prostřednictvím vám můžeme poskytnout profesionální NGS služby. 

ANCHOR_TOP_TITLE

Tento web využívá cookies

Pro chod webu jsou nezbytně aktivovány esenciální soubory cookies. Pro plnohodnotné poskytování služeb, personalizaci reklam a analýzu návštěvnosti jsou však nutné povolit i volitelné cookies. Kliknutím na následující tlačítko, je zapnete. Zobrazit podrobnosti

Nastavení cookies

Vaše soukromí je důležité. Můžete si vybrat z nastavení cookies níže. Zobrazit podrobnosti