Upravit stránku

Prokaryotní RNA-Seq (Transkriptom)

1. Katalogová čísla

  • RA-102: ProkaryotníRNA-Seq(Transkriptom)
  • SP-201-1101: Konstrukce mRNA-Seqknihovny
  • HS-102-1002: 91 PEsekvenování
  • BA-101-1102: Standardní bioinformatická analýza
  • BA-301-1102: Bioinformatickáanalýza na zakázku

2. Účel a význam

Transkriptom je celkový soubor transkriptů, především mRNA a nekódující RNA, v jedné buňce nebo v populaci buněk za určitých podmínek. Na základě sekvenční technologie příští generace, RNA-Seq (Transkriptom) je schopné podávat objektivní informace o transkriptomu a může být použito v základním vědeckém výzkumu, lékařském výzkumu, farmakogenomice a výzkumu léčiv.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorkuPro prokaryotní vzorky: celková RNA ≥ 5μg.
Koncentrace vzorkuPro prokaryotní vzorky: koncentrace ≥65ng/ul
Čistota vzorkuOD260/280≥1,8; OD260/230 ≥ 1,8; RNA 23S:16S≥1; RIN ≥ 6,0
Strategie konstrukce knihovny

Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty

Sekvenční strategie91 PE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza s referencí (referenční geny, genomová sekvence a genová anotace by měly být poskytnuty)

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Výpočet rRNA poměru (RNA sekvence musí být poskytnuta)
  4. Genová exprese a anotace (genové pokrytí a hloubka pokrytí)
  5. Analýza expresního profilu diferenciálně exprimovaných genů (Zákazník musí určit, které geny mají být zahrnuty do komparativní analýzy genové exprese, například geny se signifikantně odlišnou expresí v porovnání se vzorky léčených hormonem 2 hodiny, 4 hodiny a 8 hodin)
  6. Identifikace nových transkriptů
  7. SNP analýza

Standardní bioinformatická analýza (de novo sestavení transkriptomu)

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Statistická analýza a vyhodnocení dat
  3. Sestavení výsledků (délková distribuce kontigů, délková distribuce transkriptů)
  4. Funkční anotace transkriptů
  5. GO klasifikace transkriptů
  6. COG analýza transkriptů
  7. Analýza metabolických cesttranskriptů
  8. Predikce oblastí kódující protein (CDS)
  9. Analýza odlišné exprese transkriptů (je třeba uvést dva nebo více vzorků,pokud párové porovnání bude provedeno více než 10krát, cena analýzy bude podle ceníku za analýzu na zakázku)
  10. Geneontology (GO) klasifikace rozdílně exprimovaných transkriptů (je třeba uvést dva nebo více vzorků) a analýza obohacení signálních cest.

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončeníČistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 50 pracovních dní.

 

Nahoru