Upravit stránku

RNA-Seq (Kvantifikace)

1. Katalogová čísla

  • RA-401: RNA-Seq(Kvantifikace)
  • SP-201-1401: Konstrukce RNA-Seq knihovny (Kvantifikace) 
  • HS-101-1001: 50 SE sekvenování
  • BA-101-1401: Standardní bioinformatická analýza
  • BA-301-1401: Bio informatická analýza

2. Účel a význam

RNA-Seq (Kvantifikace) se používá pro analýzu genové exprese určitých biologických objektů za určitých podmínek. Je to finančně efektivní způsob kvantifikace, který poskytuje vysokou reprodukovatelnost, vysokou přesnost a široký dynamický rozsah. RNA-Seq (Kvantifikace) může být aplikována při studiu reakcí na léky, detekci biomarkerů, v základním lékařském výzkumu a vývoji léků.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorkuPro konstrukci 1 knihovny - pro člověka, krysy a myši: celková RNA≥2ug; U ostatních vzorků: celková RNA≥5 ug
Koncentrace vzorkuPro člověka, krysy a myši: koncentrace ≥80ng/ul; pro ostatní vzorky: ≥200ng/ul
Čistota vzorku28S:18S > 1.0; pro živočichy RIN ≥ 7.0, pro rostliny RIN≥ 6.5; OD260/280 ≥1.8; OD260/230 ≥ 1.8
Strategie konstrukce knihovny

Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty

Sekvenční strategie50 SE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Genová exprese a anotace
  4. Analýza odlišné genové exprese (měly by být k dispozici 2 nebo více vzorků)
  5. Analýza expresního profilu diferenciálně exprimovaných genů (Zákazník musí určit, které geny mají být zahrnuty do komparativní analýzy genové exprese, například geny se signifikantně odlišnou expresí v porovnání se vzorky léčených hormonem 2 hodiny, 4 hodiny a 8 hodin)
  6. GO analýza diferenciálně exprimovaných genů
  7. GO klasifikace (WEGO analýza)
  8. Analýza obohacení signálních cest diferenciálně exprimovanými geny
  9. Analýza protein-protein interakcí (pouze pro člověka a myši, databáze protein-protein interakcí cílového organismu musí být poskytnuta zákazníkem)

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončeníČistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 30 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).
Nahoru