1. Katalogová čísla
- RA-401: RNA-Seq(Kvantifikace)
- SP-201-1401: Konstrukce RNA-Seq knihovny (Kvantifikace)
- HS-101-1001: 50 SE sekvenování
- BA-101-1401: Standardní bioinformatická analýza
- BA-301-1401: Bio informatická analýza
2. Účel a význam
RNA-Seq (Kvantifikace) se používá pro analýzu genové exprese určitých biologických objektů za určitých podmínek. Je to finančně efektivní způsob kvantifikace, který poskytuje vysokou reprodukovatelnost, vysokou přesnost a široký dynamický rozsah. RNA-Seq (Kvantifikace) může být aplikována při studiu reakcí na léky, detekci biomarkerů, v základním lékařském výzkumu a vývoji léků.
3. Experimentální postup a metody
4. Požadavky na vzorky
| Stav vzorku | Integrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA. |
| Množství vzorku | Pro konstrukci 1 knihovny - pro člověka, krysy a myši: celková RNA≥2ug; U ostatních vzorků: celková RNA≥5 ug |
| Koncentrace vzorku | Pro člověka, krysy a myši: koncentrace ≥80ng/ul; pro ostatní vzorky: ≥200ng/ul |
| Čistota vzorku | 28S:18S > 1.0; pro živočichy RIN ≥ 7.0, pro rostliny RIN≥ 6.5; OD260/280 ≥1.8; OD260/230 ≥ 1.8 |
| Strategie konstrukce knihovny |
Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty |
| Sekvenční strategie | 50 SE Sekvenování |
| Obsah bioinformatické analýzy |
Standardní bioinformatická analýza
Bioinformatická analýza na zakázku Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů. |
| Ukazatel dokončení | Čistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě. |
| Doba zpracování | Standardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 30 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků). |