Tato technologie umožňuje sekvenování jedné molekuly RNA v reálném čase. Prostřednictvím PacBio Sequel probíhá sekvenování souvislých transkriptů v plné délce. Využitá sekvenovací metoda Iso-Seq zachycuje začátek, polyadenylaci a sestřih každého transkriptu z jednoho čtení.
Výhodou je, že nedochází k chybám, které se vyskytují u přístupů krátkého čtení. Potenciální aplikace zahrnují lepší anotaci genomů, detekci genových fúzí a objev nových isoforem.