Sekvenování eukaryotních malých RNA

Pro konstrukci 1 knihovny - obecné požadavky: celková RNA ≥ 10 μg; plasma/serum nebo co-IP: celková RNA ≥ 50 ng (≥ 5ml pro serum); pro< 200 nt malé RNA izolované pomocí mirVana™ miRNA Isolation Kit: RNA ≥1 μg

obecné požadavky: koncentrace ≥ 200ng/μl; plasma/serum: koncentrace ≥ 1 ng/μl; pro< 200nt malé RNA izolované pomocí mirVana™ miRNA Isolation Kit: koncentrace ≥ 20 ng/μl

eukaryota s výjimkou hmyzu:  28S:18S ≥ 1.5, RIN ≥ 8.0

knihovna 18~30 nt insertů

Standardní bioinformatická analýza

1. Statistika datových výstupů, odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
2. Délková distribucemalýchRNAs vloženými inserty18-30nt
3. Běžná a specifická sekvenční analýza (dva nebo více vzorků)
4. Distribuce malých RNA v rámci genomu (je nutný referenční genom pro analýzu, jsou-li za potřebí více než jeden referenční genom, další poplatek bude účtován)
5. Přiřazení malých RNA k rRNA, tRNA, snRNA a snoRNAs
6. Přiřazení malých RNA k repetitivním sekvencím (anotace repeticí v referenčním genomu musí být uvedena)
7. Přiřazení malých RNA do exonů a intronů (genová anotace referenčního genomu musí být uvedena)
8. Přiřazení malých RNA ke známým miRNA v databázi miRBase (známé miRNA by měly být uvedeny, např. známé miRNA oddaného druhu, nebo všechny miRNA z rostlin nebo zvířat, nebo známé miRNA ze všech druhů)
9. Konstrukce profilu známých miRNA
10. Anotace malých RNA do několika kategorií podle priority
11. Predikce nových miRNA a jejich sekundárních struktur pomocí Mireapzneanotovaných malých RNA.
12. Analýzy známých rodin miRNA (Musí být uveden latinský název druhu, jen pro druhy v mirbase databázi. Je-li zapotřebí více než jeden referenční genom, bude dodatečný poplatek účtován).

Pokročilá bioinformatická analýza

1. Predikce cílových genů známých miRNA a nových miRNA (k dispozici pouze pro jeden vzorek)
2. GO anotace cílových genů známých miRNA a nových miRNA a KEG G analýza (k dispozici pouze pro jeden vzorek)
3. Editace bazí známých miRNA (pouze pro druhy uvedené v mirbase).
4. Analýza diferenciální exprese známých miRNA (Dva nebo více vzorků by mělo být k dispozici) a shluková analýza (Je třeba uvést tři nebo více vzorků).
5. Analýza diferenciální exprese nových miRNA (Dva nebo více vzorků by mělo být k dispozici) a shluková analýza (Je třeba uvést tři nebo více vzorků).
6. Predikce cílových genů odlišně exprimovaných miRNA (sekvence kódujících genů by měly být poskytnuty, měly by být k dispozici dva nebo více vzorků)
7. Analýza odlišně exprimovaných miRNA cílových genů, GO anotace a KEGG cesty (Je třeba uvést dva nebo více vzorků)

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.