Upravit stránku

Sekvenování eukaryotních malých RNA

1. Katalogová čísla

  • RA-301: Sekvenování malýchRNA
  • SP-201-1301: Konstrukce knihovny malých RNA
  • HS-101-1001: 50 SE sekvenování
  • BA-101-1301: Standardní bioinformatická analýza
  • BA-201-1301: Pokročilá bioinformatická analýza
  • BA-301-1301: Bioinformatická analýza na zakázku

2. Účel a význam

Micro RNA jsou 21-23 nt nekódující RNA a hrají klíčovou roli v růstuvývoji a smrti buňky a diferenciaci. Malé sekvenování malých RNA pomocí technologií nové generace je nejspolehlivější způsob, jak identifikovat a profilovat malé RNA. Sekvenování všech těchto micro RNA poskytuje celkový pohled na tyto regulátory a pomáhá získat lepší pochopení mechanismu onemocnění. Stále více a více výzkumníci používají sekvenování malých RNA prodetekci biologických biomarkerů a výzkumu cílů pro léky.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorku

Pro konstrukci 1 knihovny - obecné požadavky: celková RNA ≥ 10 μg; plasma/serum nebo co-IP: celková RNA ≥ 50 ng (≥ 5ml pro serum); pro< 200 nt malé RNA izolované pomocí mirVana™ miRNA Isolation Kit: RNA ≥1 μg

Koncentrace vzorku

obecné požadavky: koncentrace ≥ 200ng/μl; plasma/serum: koncentrace ≥ 1 ng/μl; pro< 200nt malé RNA izolované pomocí mirVana™ miRNA Isolation Kit: koncentrace ≥ 20 ng/μl

Čistota vzorku

eukaryota s výjimkou hmyzu:  28S:18S ≥ 1.5, RIN ≥ 8.0

Strategie konstrukce knihovny

knihovna 18~30 nt insertů

Sekvenční strategie50 SE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza

  1. Statistika datových výstupů, odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Délková distribucemalýchRNAs vloženými inserty18-30nt
  3. Běžná a specifická sekvenční analýza (dva nebo více vzorků)
  4. Distribuce malých RNA v rámci genomu (je nutný referenční genom pro analýzu, jsou-li za potřebí více než jeden referenční genom, další poplatek bude účtován)
  5. Přiřazení malých RNA k rRNA, tRNA, snRNA a snoRNAs
  6. Přiřazení malých RNA k repetitivním sekvencím (anotace repeticí v referenčním genomu musí být uvedena)
  7. Přiřazení malých RNA do exonů a intronů (genová anotace referenčního genomu musí být uvedena)
  8. Přiřazení malých RNA ke známým miRNA v databázi miRBase (známé miRNA by měly být uvedeny, např. známé miRNA oddaného druhu, nebo všechny miRNA z rostlin nebo zvířat, nebo známé miRNA ze všech druhů)
  9. Konstrukce profilu známých miRNA
  10. Anotace malých RNA do několika kategorií podle priority
  11. Predikce nových miRNA a jejich sekundárních struktur pomocí Mireapzneanotovaných malých RNA.
  12. Analýzy známých rodin miRNA (Musí být uveden latinský název druhu, jen pro druhy v mirbase databázi. Je-li zapotřebí více než jeden referenční genom, bude dodatečný poplatek účtován).

Pokročilá bioinformatická analýza

  1. Predikce cílových genů známých miRNA a nových miRNA (k dispozici pouze pro jeden vzorek)
  2. GO anotace cílových genů známých miRNA a nových miRNA a KEG G analýza (k dispozici pouze pro jeden vzorek)
  3. Editace bazí známých miRNA (pouze pro druhy uvedené v mirbase).
  4. Analýza diferenciální exprese známých miRNA (Dva nebo více vzorků by mělo být k dispozici) a shluková analýza (Je třeba uvést tři nebo více vzorků).
  5. Analýza diferenciální exprese nových miRNA (Dva nebo více vzorků by mělo být k dispozici) a shluková analýza (Je třeba uvést tři nebo více vzorků).
  6. Predikce cílových genů odlišně exprimovaných miRNA (sekvence kódujících genů by měly být poskytnuty, měly by být k dispozici dva nebo více vzorků)
  7. Analýza odlišně exprimovaných miRNA cílových genů, GO anotace a KEGG cesty (Je třeba uvést dva nebo více vzorků)

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončeníČistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 30 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).
Nahoru