RNA sekvenace si ve světě získává stále větší popularitu. Není divu, poskytne vám totiž velmi citlivou a přesnou analýzu úrovně genové exprese. Navíc identifikuje varianty spojení známých transkriptomů a využijete ji i ke kompletaci a popisu neznámých transkriptomů.
Hlavní výhody mRNA sekvenace
- velmi přesná a citlivá analýza různé genové exprese
- umožňuje identifikaci variant spojení a de novo popis neznámých transkriptomů
- různé typy knihoven pro jednotlivé aplikace zajistí optimální výkon
Princip High-end mRNA sekvenace
Vstupním materiálem v našem procesu je celková RNA. Ta je získána z tkání nebo buněk a může být odvozena od eukariotických či prokaryotických organizmů. Jedná-li se o RNA izolovanou z čerstvé tkáně, z FFPE vzorků je možné tuto RNA dále analyzovat. Celková RNA obsahuje velké množství ribozomální RNA (rRNA), kterou lze z prokaryotických a FFPE vzorků odstranit spotřebováním. Za použití hexamerových primerů je obohacená RNA následně přepsána do cDNA.
Pro spolehlivou identifikaci úrovně genové exprese se provádí ultra hloubková sekvenace nové generace na Illumina HiSeq 2000. Varianty spojení jsou dále identifikovány pomocí delšího čtení na Roche GS FLX. Vzorky RNA mohou být normalizovány pro kompletaci de novo a popisu neznámých transkriptomů. Tento proces výrazně snižuje rozdíly v četnosti - od vysoce hojných, až po ojedinělé transkriptomy, jenž by mohly být opomenuty. Tento fakt však na druhou stranu znemožňuje analýzu genové exprese.
Speciální typy knihoven pro zkoumání nepřeložených oblastí
Standardní typy knihoven pro eukaryota a prokaryota umožňují vědcům vyřešit většinu dosud nezodpovězených otázek. Pro zkoumání nepřeložených oblastí 3 UTR a složení malých genomů de novo však tyto knihovny nestačí, a proto nám specialisté z Biotech nabízí 2 speciální typy plně optimalizované pro tyto účely.
- Speciální vláknová knihovna je zvláště důležitá pro eukaryota a prokaryota s malými genomy. Transkripty jsou často těsně navázány na genom, nebo jej dokonce i přesahují. Některé z nich mohou být navíc přepsány ve směru a protisměrně. Právě informace o směru významně zlepší bioinfomatickou analýzu těchto vzorků.
- Knihovna pro nepřeložené oblasti 3 UTR umožňuje identifikaci regulátorových elementů eukaryot v 3 UTR.