Upravit stránku

Slovníček NGS pojmů

V našem dalším přehledu se dozvíte všechny potřebné pojmy související s NGS, tedy sekvenací nové generace. Pro lepší orientaci jsme pro vás veskeré termíny, včetně jejich anglických ekvivalentů, uspořádali alfabeticky. Pokud se potřebujete dozvědět více informací o NGS, nahlédněte do tohoto článku nebo nás kontaktujte skrze formulář umístěný pod přehledem.


Využijte rozcestník pro rychlou orientaci v NGS pojmech:

  • A
    ADAPTÉRADAPTERKrátký oligonukleotid připojený k DNA, která bude sekvenována. Adaptér poskytuje vazebné místo pro primery při amplifikaci a sekvenování sousední neznámé nukleové kyseliny.
  • Č
    ČTENÍREADSZákladní jednotka výstupu po sekvenování DNA. Čtení je prezentace fragmentu DNA, který je sekvenován. U CE, v každé kapiláře probíhá jedno čtení za jeden běh. U NGS, každá jamka / polony generuje jedno čtení.
  • D
    DE NOVO SEKVENOVÁNÍDE NOVO SEQUENCINGSekvenování genomu nového, dříve nesekvenovaného, organismu nebo DNA segmentu. Tento termín se také používá, když je genom (nebo soubor sekvenčních dat) sestaven ze subsekvencí pomocí překrývajících se sekvenčních přesahů bez použití známé referenční sekvence.
    DÉLKA ČTENÍREAD LENGTHPočet bazí v daném čtení. Typicky je udávána jako průměrná délka všech čtení v běhu. Mode (nejběžnější) RL může být více užitečný metricky, zvláště když se provádí zkracování čtení v důsledku variability v délce čtení.
    DLOUHÁ ČTENÍLONG READSSekvenační čtení, která jsou obecně dlouhá nejméně 400bp v jednom směru. Dlouhá čtení jsou vhodná pro skládání sekvence ze subsekvencí.
  • E
    EMULZNÍ PCREMULSION PCRZpůsob amplifikace knihovny založený na použití kuliček. Jednovláknový fragment s navázaným adaptérem je připojen k povrchu kuličky, okolo které se nachází olejová emulze obsahující potřebné reagencie pro amplifikaci. Při této metodě dochází k paralelní amplifikaci milionů jednotlivých fragmentů na kuličkách a výsledkem je knihovna připravená přímo pro sekvenování.
  • H
    HLOUBKA POKRYTÍCOVERAGE DEPTHPočet nukleotidů ze čtení, které jsou mapovány do dané pozice. Jedná se o průměrný počet případů, kdy je konkrétní báze sekvenována nezávislými čtení (např. 10X, 20X, 30X).
  • K
    KLASTRCLUSTERMnoho kopií templátové DNA připojených blízko sebe na povrchu průtokové komory.
    KNIHOVNALIBRARYSoubor DNA molekul, které mají být sekvenovány. Knihovny jsou často vytvořené fragmentací DNA a připojením známé sekvence (specifické pro platformu) ke koncům fragmentů, což umožňuje přípravu templátu a sekvenování. Metody pro přípravu knihoven se liší v závislosti na aplikaci.
    KONTIGCONTIGŘetězec po sobě jdoucích fragmentů DNA vytvářejících spojitou sekvenci.
    KRÁTKÁ ČTENÍSHORT READSSekvenační čtení, která jsou obecně dlouhá 150bp nebo kratší v jednom směru. Obvykle mají vyšší přesnost než dlouhá čtení.
  • M
    MASIVNÍ PARALELNÍ SEKVENOVÁNÍMASSIVE PARALLEL SEQUENCINGTechnika, při které probíhá mnoho sekvenačních reakcí současně.
    MNOHONÁSOBNÁ ANALÝZAMULTIPLEXINGSloučení několika knihoven (s adaptéry a čárovými kódy) do jednoho sekvenačního běhu. Ideální pro využití kapacity NGS při použití více vzorků s krátkou sekvencí.
    MŮSTKOVÁ AMPLIFIKACEBRIDGE AMPLIFICATIONPre-sekvenační amplifikace fragmentů, která se používá výhradně u  Illumina platforem. Povrch průtokové komory je pokryt oligonukleotidy komplementárními k oběma typům adaptérů, které byly připojeny ke koncům fragmentů v průběhu přípravy knihovny. Jednovláknové fragmenty jsou hybridizovány každým koncem k jednomu z adaptéru tak, že vytvoří „můstek“. K fragmentu je dosyntetizováno druhé vlákno a poté jsou obě vzniklá vlákna oddělena denaturací. Tento proces je opakován a výsledkem je mnoho kopií původního fragmentu, které jsou umístěných v těsných shlucích (klastrech).
  • P
    PÁROVÉ - KONCOVÉ SEKVENOVÁNÍPAIRED - END SEQUENCINGSekvenování obou konců stejného fragmentu a sledování párových dat.
    POKRYTÍVOVERAGEKolikrát byl genom osekvenován danou metodou. Chcete-li vypočítat pokrytí, celková sekvenační výstupní data (v bazích) vydělte velikostí genomu, který je sekvenován. Například, lidský genom má asi 3 000 000 000 bází. Sekvenační přístroj Illumina umí vygenerovat sekvenační data o objemu 18 000 000 000 bazí v jednom běhu. Takže jeden Illumina sekvenační běh má 6-násobné pokrytí lidského genomu.
    PŘIŘAZENÍALIGNMENTPočítačový přístup pro porovnání výstupního čtení (sekvence) s referenční sekvencí a to přes vyhledávání podobné/ identické referenční sekvence.
  • R
    REFERENČNÍ SEKVENCE/ GENOMREFERENCE SEQUENCE/ GENOMEKompletní sekvence genomu, která může být použita pro mapování krátkých DNA sekvencí při porovnání genomů z různých jedinců.
  • S
    SEKVENAČNÍ BĚHSEQUENCING RUNOperační jednotka DNA sekvenátoru; typicky popisuje analýzu, která začíná aplikací reagencií a vzorků a končí výstupním čtením.
    SEKVENAČNÍ ČTENÍSEQUENCE READSekvenační data získaná z jednotlivých molekul templátu jako je řetězec nukleotidových bází. Délka sekvenačního čtení je dána použitou technologií. Sanger čtení jsou typicky dlouhá 500 - 800 bází, Illumina čtení jsou dlouhá 25 - 300 bází.
    SEKVENAČNÍ METODA - VÝSTŘEL Z BROKOVNICESHOTGUN SEQUENCINGMetoda používaná pro sekvenování dlouhých řetězců DNA. Při tomto typu sekvenování je DNA náhodně rozštěpena na malé fragmenty, které jsou osekvenovány a následně jsou seřazeny do kontinuální sekvence pomocí počítačového programu. Aby bylo možné sestavení kontinuální sekvence, musí se provést fragmentace a sekvenování cílové DNA několikrát. Počítačový program pak sestavuje kompletní sekvenci na základě překrývajících se konců osekvenovaných fragmentů.
    SEKVENOVÁNÍ NOVÉ GENERACENEXT GENERATION SEQUENCING (NGS)Vysokokapacitní metoda pro sekvenování, při které probíhá paralelně a mnohonásobně sekvenační proces a produkuje tisíce až miliony sekvencí najednou.
    SEKVENOVÁNÍ SYNTÉZOUSEQUENCING BY SYNTHESIS (SBS)Způsob sekvenování DNA, který je založen na inkorporaci nukleotidů pomocí DNA polymerázy. Zdrojem detekovaného signálu může být fluorescenčně značený nukleotid, světelná reakce řízená fosfátem nebo snímání vodíkových iontů.
    SKÓRE KVALITYQ SCORESkóre jsou závislá na platformě a předpovídají skóre kvality pro každou bázi ve čtení. Podobají se Sanger "Phred scores". Při analýze může software zkrátit / "upravit" čtení na základě minimální hranice kvality skóre.
    SLOŽENÍ / SESTAVENÍASSEMBLYPřiřazení a sloučení čtení (do kontigů), aby bylo možné provést rekonstrukci původní sekvence. Složení původní sekvence může být provedeno prostřednictvím referenční sekvence nebo de novo.
  • Š
    ŠUM / ZKRESLENÍBIASZkreslení/ nepřesnost výsledků v genomických datech v důsledku vlastních problémů samotné sekvenační technologie. Například, 454 technologie obtížně sekvenuje mononukleotidové řetězce.
  • U
    UNIFORMITAUNIFORMITYVariabilita v sekvenačním pokrytí mezi cílovými oblastmi.
  • V
    VÝTĚŽEK SEKVENAČNÍHO BĚHURUN YIELDCelkový počet (v řádech milionů, miliard, atd.) výstupních bazí v jednom sekvenačním běhu. Určeno sečtením všech bazí ze všech čtení. Lze odhadnout pomocí # čtení * průměrná délka čtení.
Nahoru