Specifické vlákno prokaryotního transkriptomu

Knihovna krátkých insertů: 100-500 bp krátké inserty

Standardní bioinformatická analýza (referenční geny, genomová sekvence a genová anotace by měly být poskytnuty)

1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
3. Výpočet rRNA poměru (RNA sekvence musí být poskytnuta)
4. Genová exprese a anotace(genové pokrytí a hloubka pokrytí)
5. Analýza odlišné genové exprese (měly by být k dispozici 2 nebo více vzorků, pokud párové porovnání bude provedeno více než 10krát, cena analýzy bude podle ceníku za analýzu na zakázku)
6. Identifikace nových transkriptů
7. SNP analýza
8. Analýza genové struktury
   • predikce operonu
   • predikce místa začátku transkripce (TSS) a místa ukončení transkripce (TTS)
9. UTR anotace a spojené analýzy - 
   • 5’UTR a 3’UTR sekvence a informace o délkové distribuci
   • predikce 5’UTR SD (Shine-Dalgarno) sekvence
   • predikce 3’UTR Rho-independent terminátoru
10. Predikce promoteru
11. sRNA anotace a spojené analýzy (sRNA–delší než 100bp – v intergenových oblastech bude analyzována):
    • predikce ncRNA a délková distribuce
    • přiřazenínc RNAs databází (sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT a Rfam)
    • Analýza odlišné exprese ncRNA (měly by být k dispozici dvanebovíce vzorků, pokud párové porovnání bude provedeno více než 10krát, cena analýzy bude podle ceníku za analýzu na zakázku)
    • predikce sekundární struktury ncRNA
    • predikce cílových genů ncRNA
    • GO anotace cílových genů ncRNA a KEGG analýza signálních cest

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.