Upravit stránku

Specifické vlákno prokaryotního transkriptomu

1. Katalogová čísla

  • RA-104: Specifické vlákno prokaryotního transkriptomu
  • SP-201-1101: Konstrukce mRNA-Seq knihovny
  • HS-102-1002: 91PE sekvenování
  • BA-101-1104: Standardní bioinformatická analýza
  • BA-301-1104: Vlastní bioinformatická analýza

2. Účel a význam

Analýza specifických vláken transkriptomu může určit, z kterého vlákna transkript pochází, a může určit hranice transkriptu. Je možné spočítat přesněji množství transkriptů. Nekódující RNA může být také zkoumána. Analýza představuje důležitý přístup pro studium jemné genové struktury a regulace genové exprese.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorkuPro konstrukci 1 knihovny - celková RNA ≥ 5μg
Koncentrace vzorku≥65ng/ul
Čistota vzorkuOD260/280≥1,8; OD260/230≥1,8; Agilent 2100 výsledky: RNA 23S:16S≥1, RIN ≥ 6,0 a baseline by měla být hladká
Strategie konstrukce knihovny

Knihovna krátkých insertů: 100-500 bp krátké inserty

Sekvenční strategie91PE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza (referenční geny, genomová sekvence a genová anotace by měly být poskytnuty)

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Výpočet rRNA poměru (RNA sekvence musí být poskytnuta)
  4. Genová exprese a anotace(genové pokrytí a hloubka pokrytí)
  5. Analýza odlišné genové exprese (měly by být k dispozici 2 nebo více vzorků, pokud párové porovnání bude provedeno více než 10krát, cena analýzy bude podle ceníku za analýzu na zakázku)
  6. Identifikace nových transkriptů
  7. SNP analýza
  8. Analýza genové struktury
    • predikce operonu
    • predikce místa začátku transkripce (TSS) a místa ukončení transkripce (TTS)
  9. UTR anotace a spojené analýzy - 
    • 5’UTR a 3’UTR sekvence a informace o délkové distribuci
    • predikce 5’UTR SD (Shine-Dalgarno) sekvence
    • predikce 3’UTR Rho-independent terminátoru
  10. Predikce promoteru
  11. sRNA anotace a spojené analýzy (sRNA–delší než 100bp – v intergenových oblastech bude analyzována):
    • predikce ncRNA a délková distribuce
    • přiřazenínc RNAs databází (sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT a Rfam)
    • Analýza odlišné exprese ncRNA (měly by být k dispozici dvanebovíce vzorků, pokud párové porovnání bude provedeno více než 10krát, cena analýzy bude podle ceníku za analýzu na zakázku)
    • predikce sekundární struktury ncRNA
    • predikce cílových genů ncRNA
    • GO anotace cílových genů ncRNA a KEGG analýza signálních cest

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončeníČistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 50 pracovních dní.
Nahoru