Upravit stránku

Eukaryotní TruSeq RNA-Seq (Transkriptom)

1. Katalogová čísla:

  • RA-105: Eukaryotní TruSeq RNA-Seq (Transkriptom)
  • SP-201-1104: Konstrukce TruSeqRNA-Seq knihovny
  • HS-102-1002: 91 PE sekvenování
  • BA-101-1101: Standardní bioinformatická analýza

2. Účel a význam:

Na základě sekvenční technologie příští generace, RNA-Seq (Transkriptom) je schopné podávat objektivní informace o transkriptomu a může být použito v různých vědeckých oblastech. Nicméně, běžné RNA-Seq (Transkriptom) vyžaduje více než 5 ug celkové RNA pro konstrukci jedné knihovny, což může být překážkou při uplatněnívzorků, jejichž množství se pohybuje na úrovni nanogramů. TruSeq RNASeq (Transkriptom) zpracovává vzorky pomocí IlluminaTruSeq RNA Sample Prep Kitu a může snížit požadované množstvícelkové RNA až na 200 ng, a tak výrazně rozšíři toblasti aplikace RNA-Seq.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorkuIntegrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorkuPro konstrukci 1 knihovny - Pro člověka, krysy a myši: celková RNA≥200ng; U ostatních vzorků: celková RNA≥1 ug;
Koncentrace vzorkuPro člověka, krysy a myši: koncentrace≥5ng/ul; pro ostatní vzorky: ≥20ng/ul
Čistota vzorku28S:18S > 1.0; pro živočichy RIN ≥ 7.0, pro rostliny RIN≥ 6.5; OD260/280 ≥1.8; OD260/230 ≥ 1.8
Strategie konstrukce knihovny

Knihovna krátkých insertů: cca 160 bp krátké inserty (bez purifikace z gelu)

Sekvenční strategie91 PE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzyObsah analýzy je stejný jako u Eukaryotní RNA-Seq (Transkriptom).
Ukazatel dokončeníČistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracováníStandardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 50 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).

 

Nahoru