1. Katalogová čísla:
- RA-105: Eukaryotní TruSeq RNA-Seq (Transkriptom)
- SP-201-1104: Konstrukce TruSeqRNA-Seq knihovny
- HS-102-1002: 91 PE sekvenování
- BA-101-1101: Standardní bioinformatická analýza
2. Účel a význam:
Na základě sekvenční technologie příští generace, RNA-Seq (Transkriptom) je schopné podávat objektivní informace o transkriptomu a může být použito v různých vědeckých oblastech. Nicméně, běžné RNA-Seq (Transkriptom) vyžaduje více než 5 ug celkové RNA pro konstrukci jedné knihovny, což může být překážkou při uplatněnívzorků, jejichž množství se pohybuje na úrovni nanogramů. TruSeq RNASeq (Transkriptom) zpracovává vzorky pomocí IlluminaTruSeq RNA Sample Prep Kitu a může snížit požadované množstvícelkové RNA až na 200 ng, a tak výrazně rozšíři toblasti aplikace RNA-Seq.
3. Experimentální postup a metody
4. Požadavky na vzorky
| Stav vzorku | Integrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA. |
| Množství vzorku | Pro konstrukci 1 knihovny - Pro člověka, krysy a myši: celková RNA≥200ng; U ostatních vzorků: celková RNA≥1 ug; |
| Koncentrace vzorku | Pro člověka, krysy a myši: koncentrace≥5ng/ul; pro ostatní vzorky: ≥20ng/ul |
| Čistota vzorku | 28S:18S > 1.0; pro živočichy RIN ≥ 7.0, pro rostliny RIN≥ 6.5; OD260/280 ≥1.8; OD260/230 ≥ 1.8 |
| Strategie konstrukce knihovny |
Knihovna krátkých insertů: cca 160 bp krátké inserty (bez purifikace z gelu) |
| Sekvenční strategie | 91 PE Sekvenování |
| Obsah bioinformatické analýzy | Obsah analýzy je stejný jako u Eukaryotní RNA-Seq (Transkriptom). |
| Ukazatel dokončení | Čistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě. |
| Doba zpracování | Standardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 50 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků). |