Metodou sekvenování jednobuněčné RNA odhalíme diverzitu transkriptomů. Tím pádem můžeme identifikovat vzácné rakovinné kmenové buňky, které jsou rezistentní vůči lékové terapii. Právě transkriptomová analýza s rozlišením jedné buňky byla až doteď omezená nízkou kapacitou, pracnou technikou a v neposlední řadě cenou. Avšak nedávné pokroky v technologiích založených na mikrokapičkách umožnily provedení transkriptomové analýzy u desítek tisíc jednotlivých buněk.
Tato metoda se hodí pro heterogenní vzorky, kdy jednobuněčnou sekvenací pochopíme rozdíly a funkce jednotlivých buněk v kontextu mikroprostředí, ve kterém se nacházejí.