Profilování proteomu (soubor proteinů) má za cíl charakterizovat tolik proteinů jak je to možné z kompletního organismu, tělních tekutin, nebo extraktů. Výsledky profilování mohou sloužit jako základ pro budoucí studium kvantitativních změn a modifikací cílových proteinů. V kombinaci s analýzou transkriptomu, proteomické výsledky umožňují náhled na dynamické změny probíhající v organismu, což poskytuje nezkreslený pohled na aktuální stav organismu.
BGI pro studium proteomu používá tyto hmotnostní spektrometrické platformy:
- Thermo Scientific LTQ Orbitrap Velos
- Bruker maXis
- ABSciex QTRAP 5500
- Bruker Ultrafle Xtreme
- WatersXevo TQ-S