Čištění nukleových kyselin bývá součástí procesu izolace, při němž tyto kyseliny oddělujeme od bílkovin a dalších látek přítomných v buňkách. Základní mírou čistoty je index (koeficient) získaný změřením vzorku DNA při 260 a 280 nm. Za dostatečnou považujeme hodnotu 1,8. Kromě čistoty je důležitým ukazatelem kvality izolované DNA i celistvost molekul, tedy velikost fragmentů, které jsme získali.
