Máme pro vás další přehledný protokol, ve kterém prezentujeme přesný postup elektroforézy nukleových kyselin za pomoci agarózových tablet TopVision. O této tematice jste si mimo jiné již mohli přečíst v naší kuchařce, kde rovněž uvádíme postup elektroforézy, tentokráte však elektroforézu NK za pomoci GeneRuler 50 bp. Po tímto protokolem můžete zhlédnout také užitečný přehled všech produktů souvisejících s elektroforézou NK.
Důležité počáteční specifikace
| CAS | 9012-36-6 |
| Vzhled | bílý až téměř bílý prášek |
| LE (elektroendosmóza) | ≤ 0,13 |
| Želírovací bod | 36 °C ± 1,5 °C (1,5% gel) |
| Bod tání | 88 °C ± 1,5 °C (1,5% gel) |
| Rozpustnost ve vodě | čirý bezbarvý roztok - 1 g ve 100 ml vody |
| Vlhkost | ≤ 10 % |
| Síla gelu | ≤ 1200 g/cm2 (1% gel) |
| Sírany | ≤ 0,15 % |
| Popel | ≤ 0,15 % |
| Nečistoty (např. DNázy, RNázy, proteázy, endonukleázy) | žádné |
Všechny parametry, které uvádíme ve výše uvedené tabulce, jsou testovány a oveřeny.
Informace o TopVision agarózových tabletách
| označení | popis | balení |
| #R2801 | TopVision agarózové tablety | 0,5 x 200 tablet |
| #R2802 | TopVision agarózové tablety | 0,5 x 1000 tablet |
Postup elektroforézy pomocí agarózového gelu TopVision
1) Použijte láhev s dvakrát až čtyřikrát větším objemem, než má připravovaný roztok
2) Přidejte odpovídající počet agarózových tablet do elektroforetického pufru podle níže uvedené tabulky. Tak vytvoříte gel o požadované koncentraci. Následně namočte tabletu do pufu na 2 minuty před tím, než ji začnete ohřívat.
| GEL [%] | 1 tableta | 2 tablety | 3 tablety |
|---|---|---|---|
| 1% | 50 ml | 100 ml | 150 ml |
| 1,2% | 42 ml | 83 ml | 125 ml |
| 1,3% | 38 ml | 77 ml | 115 ml |
| 1,5% | 33 ml | 67 ml | 100 ml |
| 1,8% | 28 ml | 56 ml | 83 ml |
| 2% | 25 ml | 50 ml | 75 ml |
3) Pokud používáte vroucí lázeň, roztok agarózy v ní jednoduše zahřejte. Roztok přivedete k varu a necháte jej vařit 15 minut za stálého míchání, dokud se agaróza zcela nerozpustí.
Pokud používáte mikrovlnnou troubu, roztok agarózy v ní zahřejte při plném výkonu, dokud se nezačne vařit. Roztok povařte zhruba 30 sekund. Následně láhev vyjměte z mikrovlnné trouby a krouživým pohybem jemně rozpusťte zbývající agarózové částice. Roztok poté znovu ohřejte při nejvyšším výkonu po dobu dalších 1 - 2 minut, nebo dokud není zcela čistý.
Nezapomeňte, že doba varu je závislá na objemu roztoku a počtu rozpuštěných gelových tablet. S roztokem manipulujte opatrně, neboť může být velmi horký.
4) Před nalitím zchlaďte vzniklý roztok na 60 °C
5) Nalijte gel
Doporučené koncentrace agarózy pro separaci DNA
| Koncentrace agarózy [%] | 0,3 | 0,6 | 0,7 | 0,9 | 1,2 | 1,5 | 2,0 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rozmezí velikost DNA [kb] | 60 - 5 | 20 - 1 | 10 - 0,8 | 7 - 0,5 | 6 - 0,4 | 4 - 0,2 | 3 - 0,1 |
Seznam produktů pro elektroforézu NK
| Custom DNA Ladders |
|---|
| NoLimits™ Individual DNA Fragments |
| GeneRuler™ DNA Ladders |
|---|
| GeneRuler™ 1 kb DNA Ladder, 250-10,000 bp |
| GeneRuler™ 1 kb DNA Ladder, ready-to-use, 250-10,000 bp |
| GeneRuler™ 1 kb Plus DNA Ladder, 75-20,000 bp |
| GeneRuler™ 1 kb Plus DNA Ladder, ready-to-use, 75-20,000 bp |
| GeneRuler™ 100 bp DNA Ladder, 100-1000 bp |
| GeneRuler™ 100 bp DNA Ladder, ready-to-use, 100-1000 bp |
| GeneRuler™ 100 bp Plus DNA Ladder, 100-3000 bp |
| GeneRuler™ 100 bp Plus DNA Ladder, ready-to-use, 100-3000 bp |
| GeneRuler™ 50 bp DNA Ladder, 50-1000 bp |
| GeneRuler™ 50 bp DNA Ladder, ready-to-use, 50-1000 bp |
| GeneRuler™ DNA Ladder Mix, 100-10,000 bp |
| GeneRuler™ DNA Ladder Mix, ready-to-use, 100-10,000 bp |
| GeneRuler™ Express DNA Ladder, 100-5000 bp |
| GeneRuler™ Express DNA Ladder, ready-to-use, 100-5000 bp |
| GeneRuler™ High Range DNA Ladder, 10,171-48,502 bp |
| GeneRuler™ High Range DNA Ladder, ready-to-use, 10,171-48,502 bp |
| GeneRuler™ Low Range DNA Ladder, 25-700 bp |
| GeneRuler™ Low Range DNA Ladder, ready-to-use, 25-700 bp |
| GeneRuler™ Ultra Low Range DNA Ladder, 10-300 bp |
| GeneRuler™ Ultra Low Range DNA Ladder, ready-to-use, 10-300 bp |
| O'GeneRuler™ DNA Ladders |
|---|
| O'GeneRuler™ 1 kb DNA Ladder, ready-to-use, 250-10,000 bp |
| O'GeneRuler™ 1 kb Plus DNA Ladder, ready-to-use, 75-20,000 bp |
| O'GeneRuler™ 100 bp DNA Ladder, ready-to-use, 100-1000 bp |
| O'GeneRuler™ 100 bp Plus DNA Ladder, ready-to-use, 100-3000 bp |
| O'GeneRuler™ 50 bp DNA Ladder, ready-to-use, 50-1000 bp |
| O'GeneRuler™ DNA Ladder Mix, ready-to-use, 100-10,000 bp |
| O'GeneRuler™ Express DNA Ladder, ready-to-use, 100-5000 bp |
| O'GeneRuler™ Low Range DNA Ladder, ready-to-use, 25-700 bp |
| O'GeneRuler™ Ultra Low Range DNA Ladder, ready-to-use, 10-300 bp |
| MassRuler™ DNA Ladders |
|---|
| MassRuler™ DNA Ladder Mix, ready-to-use, 80-10,000 bp |
| MassRuler™ Express Forward and Reverse DNA Ladders Mixes, ready-to-use, 100-10,000 bp |
| MassRuler™ Express HR Forward and Reverse DNA Ladders, ready-to-use, 1500-10,000 bp |
| MassRuler™ Express LR Forward and Reverse DNA Ladders, ready-to-use, 100-1000 bp |
| MassRuler™ High Range DNA Ladder, ready-to-use, 1500-10,000 bp |
| MassRuler™ Low Range DNA Ladder, ready-to-use, 80-1031 bp |
| FastRuler™ DNA Ladders |
|---|
| FastRuler™ High Range DNA Ladder, ready-to-use, 500-10,000 bp |
| FastRuler™ Low Range DNA Ladder, ready-to-use, 50-1500 bp |
| FastRuler™ Middle Range DNA Ladder, ready-to-use, 100-5000 bp |
| FastRuler™ Ultra Low Range DNA Ladder, ready-to-use, 10-200 bp |
| O'RangeRuler™ DNA Ladders |
|---|
| O'RangeRuler™ 10 bp DNA Ladder, ready-to-use, 10-150 bp |
| O'RangeRuler™ 100 bp DNA Ladder, ready-to-use, 100-1500 bp |
| O'RangeRuler™ 100+500 bp DNA Ladder, ready-to-use, 100-6000 bp |
| O'RangeRuler™ 20 bp DNA Ladder, ready-to-use, 20-300 bp |
| O'RangeRuler™ 200 bp DNA Ladder, ready-to-use, 200-3000 bp |
| O'RangeRuler™ 5 bp DNA Ladder, ready-to-use, 10-100 bp |
| O'RangeRuler™ 50 bp DNA Ladder, ready-to-use, 50-1000 bp |
| O'RangeRuler™ 500 bp DNA Ladder, ready-to-use, 500-6000 bp |
| ZipRuler™ DNA Ladders |
|---|
| ZipRuler™ Express DNA Ladder Set, ready-to-use, 100-20,000 bp |
| RNA Ladders |
|---|
| RiboRuler™ High Range RNA Ladder, 200-6000 bases |
| RiboRuler™ High Range RNA Ladder, ready-to-use, 200-6000 bases |
| RiboRuler™ Low Range RNA Ladder, 100-1000 bases |
| RiboRuler™ Low Range RNA Ladder, ready-to-use, 100-1000 bases |
| Lambda DNA Markers |
|---|
| Lambda DNA/Eco130I (StyI) Marker, 16 |
| Lambda DNA/Eco47I (AvaII) Marker, 13 |
| Lambda DNA/Eco91I (BstEII) Marker, 15 |
| Lambda DNA/EcoRI Marker, 1 |
| Lambda DNA/EcoRI+HindIII Marker, 3 |
| Lambda DNA/EcoRI+HindIII Marker, 3, ready-to-use |
| Lambda DNA/HindIII Marker, 2 |
| Lambda DNA/HindIII Marker, 2, ready-to-use |
| Lambda DNA/PstI Marker, 24 |
| Lambda Mix Marker, 19 |
| Lambda – pUC Mix Marker, 4 |
| Phage and Plasmid DNA Markers |
|---|
| pBR322 DNA/AluI Marker, 20 |
| pBR322 DNA/AluI Marker, 20, ready-to-use |
| pBR322 DNA/BsuRI (HaeIII) Marker, 5 |
| phiX174 DNA/BsuRI (HaeIII) Marker, 9 |
| phiX174 DNA/BsuRI (HaeIII) Marker, 9, ready-to-use |
| phiX174 DNA/HinfI Marker, 10 |
| pUC Mix Marker, 8 |
| pUC Mix Marker, 8, ready-to-use |
| pUC19 DNA/MspI (HpaII) Marker, 23 |
| pUC19 DNA/MspI (HpaII) Marker, 23, ready-to-use |
| Buffers and Reagents |
|---|
| 10X TBE Buffer (Tris-borate-EDTA) |
| 50X TAE Buffer (Tris-acetate-EDTA) |
| 6X DNA Loading Dye |
| 6X DNA Loading Dye & SDS Solution |
| 6X MassRuler™ DNA Loading Dye |
| 6X Orange DNA Loading Dye |
| 6X TriTrack™ DNA Loading Dye |
| TopVision™ Agarose |
| TopVision™ Low Melting Point Agarose |
| 2X RNA Loading Dye |