Sekvenování nové generace (NGS) je revoluční technologie pro výzkum rostlin a zvířat, která umožňuje dekódovat celé genomy mnoha druhů. NGS také umožňuje detekovat funkční geny a markery důležitých vlastností s cílem usnadnit molekulární chov a zlepšit zemědělskou výrobu. BGI byla průkopníkem v této oblasti a je velmi zkušená v používání NGS ke studiu rostlinných a živočišných genomů. Doposud BGI Tech sekvenovala 656 referenčních genomů z rostlin (235) a zvířat (421).